Lavar y escurrir bien la quinua. Calentar en un cazo grande a fuego medio la leche de soya con la canela y la tira de piel de naranja. Cuando empiece a hervir añadir la quinua y el azúcar y dejar cocer. Reducir a fuego bajo entre 15 y 20 minutos. Calentar el horno a 200° C.
Batir los huevos con el zumo de naranja y la ralladura de su piel, agregar la quinua cocida sin la rama de canela y la piel de la naranja, mezclar bien y añadir el chocolate troceado. Repartir la mezcla anterior en los moldes elegidos y colocar en el horno entre 15 y 20 minutos. A los 15 minutos de cocción pinchar las magdalenas para comprobar si ya están listas (el pincho sale prácticamente limpio) y retirarlas del horno o dejarlas cocer 5 minutos más si el pincho ha salido muy manchado.
Dejar enfriar las magdalenas antes de desmoldar y servir.